作戦機実に4,500機以上を数える空軍組織で、これは
陸軍航空隊に比べ約1,000機多く日本最大の空軍組織となっている。うち約1,400機は空母艦載機となっており、帝国海軍の空母や揚陸艦に積載されて対艦攻撃や対地支援を行う精鋭部隊となっている。防空任務は陸海が分担して担当しているが、海軍航空隊の局地戦闘機部隊(百の桁が3であるような海軍航空隊)は本土防空に協力するほか主に離島や同盟国の防空任務を行う。また、海軍航空隊の一つの特徴である大量の陸上攻撃機部隊は、大型魚雷や短魚雷を搭載して敵艦隊への攻撃任務を帯び、東太平洋やインド洋を睨む日本海軍の中でも常に最前線に展開する部隊の一つである。
海軍基地航空隊の部隊は、大きく「内戦部隊」と「外戦部隊」に分けられる。内戦部隊は領土の哨戒や邀撃を担当する防衛部隊であり、外戦部隊は陸攻隊など攻撃的任務を帯びる部隊である。9つある航空艦隊のうち5つが内戦部隊で、4つが外戦部隊となっている。